Elle se qualifie également pour la finale de la coupe de la Ligue qu’elle perd cependant contre le Paris Saint-Germain. Le club est éliminé en 8e de finale de la Ligue des champions par le Real Madrid et malgré une fin de saison plutôt difficile, termine troisième du championnat en devançant le Paris SG et obtient donc une qualification pour le tour préliminaire de la Ligue des champions. À la lutte avec la France et l’Angleterre dans un groupe difficile, ils se mettent dans l’embarras en concédant d’abord un match nul au Koweït (1-1). Battus par l’Angleterre, ils sont dos au mur face à la France et dans l’obligation de gagner pour se qualifier. Le club parvient également à se qualifier pour la neuvième fois consécutive en huitièmes de finale, grâce à un dernier match remporté 7-1 sur le terrain du Dinamo Zagreb, alors qu’il était dans l’obligation de combler une différence de 7 buts avec l’Ajax Amsterdam (battu dans le même temps 3-0 par le Real Madrid). Lewandowski, en tant que capitaine de l’équipe, a été titularisé dans tous les cinq matches de équipe pour le tournoi et a marqué 1 but dans le match de quart de finale contre le Portugal, ce but fut le plus rapide de l’Euro 2016, après moins de deux minutes de jeu (119 secondes exactement) et le 2e but le plus rapide de l’histoire de l’Euro derrière le Russe Kiritchenko en 2004 (1 min 7 s).
Également éliminée de façon précoce dans les deux coupes nationales (défaite 3-2 à Nantes en 16es de finale de la Coupe de France, et défaite aux tirs au but face à Monaco en huitièmes de finale de la Coupe de la Ligue), l’équipe redresse toutefois la barre en championnat, se maintenant à la première place du classement pendant une grande partie de la phase retour. Le Bayern Munich, qui possède une belle colonie de Français, a donc tout pour lui plaire ! Lisez les dernières informations sur Bayern Munich et Benfica et consultez Ligue des champions Classements, Résultats, Meilleurs buteurs et Vainqueurs précédents. Désormais l’Olympique lyonnais joue les premiers rôles, tant sur le plan national que sur la scène européenne, bien qu’il ne parvienne pas à passer le cap des demi-finales de la Ligue des champions. L’année suivante, l’OL accentue encore sa domination : les Lyonnais chutent pour la première fois à Rennes le 4 novembre, maillot hoffenheim après neuf victoires consécutives.
En effet, après une seconde place au championnat, une victoire en coupe de la Ligue et une bonne prestation en Ligue des champions l’année précédente, les hommes de Jacques Santini ne peuvent plus créer l’effet de surprise. L’année suivante, Paul Le Guen a remplacé Jacques Santini mais le scénario est similaire. La saison 2003-2004 voit l’Olympique lyonnais de Paul Le Guen proposer un jeu plus offensif, qui permet à l’équipe de remporter un troisième titre d’affilée à l’issue d’un duel serré avec l’AS Monaco, en tête de la 7e à la 31e journée. Bien qu’en tête toute la saison, l’OL doit affronter la concurrence de Bordeaux jusqu’à la dernière journée. Cependant lors de la 36e journée de Ligue 1, l’OL perd pratiquement tout espoir de titre en s’inclinant lourdement à Caen (3-0). Le club accroche toutefois la deuxième place qui lui permet de retrouver la Ligue des Champions. La saison suivante, malgré une équipe pleine de talent, le titre échappe une nouvelle fois a Benfica qui gagne tout de même une Coupe du Portugal en battant en finale Boavista 5-2. En 1993/94, Benfica remporte le 30e Championnat de son histoire, avec, alors que le titre était pratiquement assuré, une victoire écrasante 6-3 au Sporting.
La saison suivante, l’OL est plus dominateur en championnat : en tête dès la 10e journée, les Lyonnais terminent avec douze points d’avance sur leur dauphin, le LOSC Lille. Après un début de saison poussif, l’Olympique lyonnais rattrape le peloton de tête à mi-saison. Tête de série, l’OL se trouve dans un groupe avec les Espagnols du Betis Séville, les Portugais du Vitória de Guimarães et le club croate HNK Rijeka. Pourtant, depuis la fin de l’année 2006, Lyon a marqué le pas dans la hiérarchie européenne. Europe. Jean-Michel Aulas en devient même président en 2007 jusqu’à sa dissolution l’année suivante. Jean-Michel Aulas ne le remercie. Alexandre Lacazette devient meilleur buteur du championnat. OL a obtenu lors de la saison 2006-2007 le meilleur score ELO jamais atteint en championnat de France. Lyon bat le record de la meilleure entame de saison avec seize victoires, deux nuls pour une défaite. À cause de différends avec la direction du club espagnol, Benítez quitte cependant le FC Valence le 1er juin 2004, une semaine après le départ de Gérard Houllier du Liverpool Football Club. Libre de tout contrat depuis son départ de Mayence fin juin 2018, Nigel de Jong poursuit sa carrière au Qatar.